Realizada con sillarejo, su planta se estructuraba con tres naves separadas por pilares en los que apoyaban arcos de medio punto. En la cabecera del Evangelio se localizan restos de una capilla con ménsulas bajo un espacio circular, lo que indica una cubierta de crucería y el resto con armadura mudéjar pintada, según consta en las descripciones conservadas en una publicación de los años 30 en el Boletín del Seminario de Arte y Arqueología de la UVA.

A los pies se adosaba una torre, derruida en 1606, de la que aún se conserva un acceso a la nave central a través de un arco de medio punto y sobre este una espadaña de dos cuerpos con arcos campaneros de medio punto y remate triangular en el centro y aletas en los laterales, con bolas en los extremos de los dos pisos.

Se observan los muros que formarían un crucero, quizá la parte de la Epístola serviría como sacristía. Junto a la portada, de traza recta con molduras, se encuentran los restos de un pequeño recinto levantado en 1803 si seguimos la inscripción de un gran sillar empotrado en el paramento.

En el muro de cierre de la cabecera, en la nave del Evangelio, se abre un pequeño hueco de acceso de medio punto. En la misma nave, pero en la parte de los pies se encuentra un recinto solo abierto al interior bajo un alto paramento con aspillera y que presenta su muro exterior con tres huecos de medio punto. Esta construcción no está integrada en el muro de la iglesia, lo que podría hacer suponer que se tratase de los restos de una iglesia más antigua, previa a la actual y que quizá pudiera ser de la original de San Juan.

Un dato para la historia es que en esta iglesia fue bautizada Magdalena de Ulloa, madre adoptiva del Juan de Austria. Su gran catálogo monumental, formado por piezas de calidad, fue trasladado en diferentes momentos a la iglesia de Nuestra Señora de Castellanos y a su anexa de San Martín.