En el lado sur destaca el cuerpo de la capilla de la Asunción con sus contrafuertes redondeados, un modismo que se observa en multitud de iglesias de la zona, solo que, en el caso de Nava, se sustituye el clásico ladrillo por piedra.

El acceso por la cabecera se hace a través de una antigua sacristía cubierta con bóveda estrellada fechada en 1530. Desde esta se entra en la magnífica sacristía barroca, un espacio rectangular con hornacinas entre contrafuertes y ventanales de arcos mixtilíneos y bóveda cañón con lunetos.

Sus dos portadas laterales se rematan con hornacinas ocupadas con las imágenes de los dos santos patronos del templo. La torre, realizada en piedra, presenta tres cuerpos cuadrados y un remate ochavado abierto con huecos de medio punto y cubierto con cúpula y linterna.

El interior presenta 3 naves separadas por 8 grandes columnas que soportan una estructura de bóvedas de baídas y cañón decoradas con abultadas yeserías y lunetos para la entrada de luz. En los extremos de las naves laterales, los gruesos contrafuertes prismáticos abren profundos huecos que se aprovechan como capillas y los accesos a ambos lados del templo. Estas capillas se cubren con bóvedas de cañón acasetonadas, como la esférica frente al hastial de la torre. Las naves laterales terminan en un tramo, al que se abre la capilla bautismal, frente al cierre de la torre, que circunvala al coro que cierra la central.

Las únicas excepciones son la Capilla Gil de Nava o de la Asunción, situada en el segundo tramo de la del Evangelio, que se cubre con una florida crucería decorada con terceletes. Enfrentada a ella, la Capilla de Pedro González que, dividida en dos cuerpos, se cubre con crucerías también, destacando la más amplia por su nervadura estrellada.

El acceso de la plaza mayor permite observar la magnifica bóveda estrellada de la sacristía vieja y uno de los recintos más espectaculares levantado en el siglo XVIII en la provincia: la sacristía nueva. Levantada a partir de 1730 por Alberto Churriguera, presenta un espacio rectangular en el que la decoración de yeserías de la bóveda de cañón con lunetos y las paredes, que aprovechan sus dimensiones para un juego continuo de claro – oscuro con los recios contrafuertes y los amplios ventanales, muestra un amplio inventario de diseños decorativos de líneas dobles y quebradas con sentido ascendente y estructuras simétricas propios del XVIII, buscando atrevidos contrastes cromáticos reforzados por las sombras que dibuja la propia profundidad de las abultadas dimensiones del yeso.

Patrimonio Mueble

El catálogo que tuvo la iglesia debió de ser espectacular, sin embargo, el derrumbe de las obras de los primeros cuerpos de la torre en 1663 provocó la pérdida de mucho de este patrimonio, lo que hace que el actual sea muy heterogéneo en su origen, aunque la mayoría corresponde a las sustituciones del perdido realizadas fundamentalmente a partir del XVII.

De igual manera, hay que hacer referencia a gran cantidad de escultura y pintura que procede de otras construcciones de la población que en algún momento de su historia sufrieron algún tipo de ruina, traslado o abandono con motivo de la desamortización.

Sobresale el Retablo Mayor dedicado a los Santos Juanes, obra diseñada por Francisco de Mora y Francisco Velázquez, policromada y pintada por Francisco Martínez con la obra escultórica de Gregorio Fernández y su taller.

En los espacios delimitados por los contrafuertes se sitúan retablos de gran calidad en sus ensamblajes, estofado y escultura. Destacan entre ellos obras escultóricas de Gregorio Fernández y el reconocido artista navarrés Luis Salvador Carmona.

El catálogo aumenta en calidad y cantidad con los retablos y obras escultóricas descontextualizadas procedentes de otros edificios o de los restos que salieron indemnes del citado derrumbe de 1663 que se conservan en las capillas laterales situadas en el primer tramo de las naves del Evangelio (Asunción – Gil de Nava) y la Epístola (Pedro González).

En esta se encuentra el magnífico conjunto escultórico del Llanto sobre Cristo Muerto, composición de influencia flamenca de comienzos del siglo XVI realizada por el llamado Maestro de San Pablo de la Moraleja.

A comienzos del siglo XVIII, para sustituir el arruinado coro, se realizó la sillería y el órgano barroco, obra de Antón Pérez, José de Alsúa y Tomás Ruiz.